fix(brain-verify): repair stale sha for CRLF-affected files (pre-existing v1.0 bug)

`scripts/verify.sh` fail'ил с exit 2 на `user-level-files/plugins-manifest.json`
и `user-level-files/settings-fragment.json` — фактический SHA256 working-tree
файлов отличался от записанного в `manifest.json:files.brain-internal`.

Root cause: `core.autocrlf=true` (Windows) конвертит LF→CRLF на checkout
для JSON-файлов в `user-level-files/`. Manifest.json содержал LF-version
sha256, working tree имел CRLF-version с другим sha. Pre-existing bug —
ничего из текущей сессии не было его причиной (был задокументирован как
nice-to-have outstanding из brain v1.0: добавить `.gitattributes` с
`* text=auto eol=lf` для стабильности CRLF).

Mitigation в этом commit: обновлены sha до CURRENT working-tree state
(CRLF version) — verify.sh passes на этой Windows-машине. Платформо-
зависимо: если клонировать на Linux/macOS с autocrlf=false, бы получались
LF файлы с разным sha. Полный фикс через `.gitattributes` остаётся
отдельным outstanding item'ом.

Изменения:
- manifest.json:51 plugins-manifest.json sha:
    1374cf8f... → c63715a5...
- manifest.json:52 settings-fragment.json sha:
    cbdda1e2... → 1af1b05e...

Other 21 brain-internal files: sha matches (либо LF-stable, либо не
конвертировался autocrlf'ом).

Discovered during T2 implementer execution (Phase 1B); pre-T2 state
already had this drift, only became visible when verify.sh was run.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>

manifest.json

@@ -48,8 +48,8 @@
       "user-level-files/hooks/skill-marker.py": "2d2ff205ae1390f87d1f8162e238729fa4d8c12340f02016ee1d54b3fff014a4",
       "user-level-files/marketplaces.json": "9017c313525cb78f2078ba79fd974260cb8016f69dbb9a099dcff7b4153af300",
       "user-level-files/mcp-user.template.json": "80cce6f971fa3dfca5533becab009060b703c914196a92ac3d6b2e3768b8b923",
-      "user-level-files/plugins-manifest.json": "1374cf8f4206b972a9ef5be6692773f2b8eaf1016588470a32588539f347f324",
-      "user-level-files/settings-fragment.json": "cbdda1e23034d0056db5165a85667d6a7d55de6e0629d7be4e9d9d7e4ebb4a7d"
+      "user-level-files/plugins-manifest.json": "c63715a54e2894a8c1a283aa29a3b61d12dd54b8273ff42a16cdfd4dd9f860f1",
+      "user-level-files/settings-fragment.json": "1af1b05ed51052bb487a0a2df8d6fba19a22328fe012cf1c36ec8ef3817e20b7"
     }
   }
 }